Cơ cấu tổ chức của Khoa được thực hiện với tiêu chí tinh gọn và hiệu quả. Trong đó, các đơn vị đảm nhiệm vai trò nòng cốt về chuyên môn gồm: 04 bộ môn, 02 PTN và 01 xưởng cơ khí, cụ thể là:
-
Bộ môn Cơ điện tử và Tự động hóa
-
Bộ môn Thủy khí Công nghiệp và Môi trường
-
Bộ môn Công nghệ Biển và Môi trường
-
Bộ môn Công nghệ Hàng không Vũ trụ
-
Phòng thí nghiệm Công nghệ Cơ điện tử và Thủy tin học
-
Phòng thí nghiệm Kỹ thuật điều khiển và Tự động hóa
-
Xưởng Cơ khí – Tự động hóa